محل کار یک دانشمند بیوانفورماتیک بسته به کارفرما و تمرکز تحقیقاتی او متفاوت است. دانشمندان بیوانفورماتیک در مؤسسات آکادمیک، سازمان‌های دولتی، غیرانتفاعی و شرکت‌های خصوصی مشغول به کار می‌شوند و به تحلیل داده‌های زیستی می‌پردازند. در مؤسسات دانشگاهی، آن‌ها در آزمایشگاه‌های تحقیقاتی یا دپارتمان‌های زیست‌شناسی و علوم کامپیوتر به انجام تحقیقات می‌پردازند و با سایر محققان همکاری می‌کنند. در شرکت‌های خصوصی، ممکن است برای شرکت‌های دارویی یا بیوتکنولوژی کار کنند و در فرآیندهای کشف دارو و تشخیص بیماری‌ها دخیل باشند. آن‌ها معمولاً زمان زیادی را صرف کار با کامپیوترها و تحلیل داده‌های زیستی می‌کنند.