محیط کاری مهندسین پزشکی، ترکیبی از محیط‌های اداری، آزمایشگاهی و بالینی است. آن‌ها عمده‌ی وقت خود را به طراحی، انجام آزمایش‌ها، نصب دستگاه‌ها و تجزیه‌وتحلیل داده‌های پزشکی می‌گذرانند و با متخصصان بهداشتی و پزشکی همکاری می‌کنند. یک مهندس پزشکی وظیفه‌ی آموزش نحوه‌ی استفاده از ابزارآلات و دستگاه‌ها به پزشکان و پرستاران را برعهده دارد و ممکن است به بیمارستان‌ها و مراکز بهداشتی سر بزند. ساعاتِ کاری مهندسی پزشکی، عموماً منظم و مطابق با ساعاتِ اداری است و آن‌ها عموماً در ساعاتی از شب یا روزهای تعطیل مشغول به کار نیستند.